I - Unidade Administrativa Regional de Manaus-AM, que abrange as hidrovias, exceto a do rio Madeira, portos públicos, terminais portuários de uso privativo, estações de transbordo de cargas, instalações portuárias públicas de pequeno porte, empresas brasileiras de navegação sediadas e empresas de navegação que prestam serviços de transporte aquaviário e de apoio nos Estados do Amazonas e Roraima;
II - Unidade Administrativa Regional de Belém-PA, que abrange as hidrovias, portos públicos, terminais portuários de uso privativo, estações de transbordo de cargas, instalações portuárias públicas de pequeno porte, empresas brasileiras de navegação sediadas e empresas de navegação que prestam serviços de transporte aquaviário e de apoio nos Estados do Pará, Amapá e Tocantins;
III - Unidade Administrativa Regional de São Paulo-SP, que abrange os portos públicos, terminais portuários de uso privativo, estações de transbordo de cargas, instalações portuárias públicas de pequeno porte, empresas brasileiras de navegação sediadas e empresas de navegação que prestam serviços de transporte aquaviário e de apoio na hidrovia Tietê-Paraná e no Estado de São Paulo;
IV - Unidade Administrativa Regional do Rio de Janeiro-RJ, que abrange os portos públicos, terminais portuários de uso privativo, empresas brasileiras de navegação sediadas e empresas de navegação que prestam serviços de transporte aquaviário e de apoio nos Estados do Rio de Janeiro e Espírito Santo;
V - Unidade Administrativa Regional de Florianópolis-SC, que abrange os portos públicos, terminais portuários de uso privativo, empresas brasileiras de navegação sediadas e empresas de navegação que prestam serviços de transporte aquaviário e de apoio no Estado de Santa Catarina;
VI - Unidade Administrativa Regional de Recife-PE, que abrange parte da hidrovia do São Francisco, estações de transbordo de cargas e instalações portuárias públicas de pequeno porte instalados na hidrovia, portos públicos, terminais portuários de uso privativo, empresas brasileiras de navegação sediadas e empresas de navegação que prestam serviços de transporte aquaviário e de apoio nos Estados de Alagoas, Pernambuco, Paraíba e Rio Grande do Norte;
VII - Unidade Administrativa Regional de Porto Velho-RO, que abrange os portos públicos, terminais portuários de uso privativo, estações de transbordo de cargas, instalações portuárias públicas de pequeno porte, empresas brasileiras de navegação sediadas e empresas de navegação que prestam serviços de transporte aquaviário e de apoio na hidrovia do rio Madeira e nos Estados de Rondônia e Acre.
Observação: As Superintendências de Navegação Marítima e de Apoio, de Portos e de Navegação Interior são responsáveis pela realização da fiscalização nos Estados não cobertos pelas Unidades Administrativas Regionais.